הוצאת חרגול נוסדה ב-1998 על-ידי דן דאור, מתרגם ועורך עצמאי, ויהונתן נדב, לשעבר עורך בהוצאת שוקן ובהוצאת מפה. מאז הספר הראשון, הנזיר והפילוסוף מאת ז'אן פראנסואה רוול ומאתייה ריקאר, ראו בה אור עד היום כשמונים ספרים.
בשנת 2003 הצטרף להוצאה אלי הירש כעורך המקור של ההוצאה ושל סדרת הפרוזה העברית חרגול פלוס. מהוצאה קטנה שפועלת מהבית הפכה חרגול להוצאה מן השורה המוציאה לאור כעשרים כותרים חדשים בשנה. חרגול מוציאה בעיקר ספרות יפה וספרי עיון, מקור ותרגום, והיא מחויבת לאיכות של כתיבה, תרגום, עריכה ועיצוב.
בתחילת שנת 2006 חתמה הוצאת חרגול על הסכם שיתוף פעולה עם הוצאת עם עובד. במסגרת זו תמשיך הוצאת חרגול לפעול כחברה עצמאית וכמערכת עצמאית. כל ספרי חרגול ייצאו תחת שמותיהן וסימניהן המסחריים של שתי ההוצאות. הוצאת עם עובד תפיץ ותשווק גם את ספרי חרגול הקודמים.