אפרים קישון נולד בבודפשט, בירת הונגריה ב-23 באוגוסט 1924 בשם פֶרֶנץ הופמן (Hoffmann Ferenc). כאשר הפך לסופר הונגרי, שינה את שם משפחתו לקישהונט (Kishont). בנעוריו לא ידע עברית או יידיש. אביו עבד כמנהל בנק ואמו הייתה מזכירה. לקישון אחות אחת שאף היא הייתה סופרת.
כשרון הכתיבה שלו ניכר כבר בנעוריו. בשנת 1940 זכה בפרס הראשון בתחרות כתיבת נובלה לתלמידי תיכון. בגלל חוקי הגזע, לא הורשה להמשיך את לימודיו באוניברסיטה ולכן החל בשנת 1942 בלימודי צורפות.
בשנת 1944 נכלא במחנה ריכוז בהונגריה. נמלט במהלך העברתו למחנה השמדה בפולין. בתוכנית הטלוויזיה "חיים שכאלה" סיפר כי הוא חב את חייו לאדם שלימד אותו כיצד לזייף חותמות רשמיות, באופן גרפי, באמצעות עט רגיל. כאשר שב לבודפשט גילה כי הוריו ואחותו שרדו, אך בני משפחה רבים אחרים נרצחו בתאי הגזים באושוויץ.
בשנת 1948 השלים את לימודיו בפיסול מתכת ובתולדות האמנות והחל מפרסם מאמרים הומוריסטיים בשם פרנץ קישהונט (השם הנפוץ הונט בתוספת הקטנה [קיש = קטן]). במאי 1949 יצא עם רעייתו הראשונה, חוה קלאמר, מהונגריה ועלה לישראל. את שמו העברי קיבל קישון מידיו של פקיד הסוכנות בנמל. לדברי קישון, שאל אותו פקיד הסוכנות לשמו וכאשר נענה "פרנץ" אמר: אין דבר כזה, ורשם "אפרים," וכך עשה גם ביחס לשם משפחתו.
קישון התגורר תחילה במעברת "שער העלייה" ("שרליה") שליד חיפה, ממנה עבר לקיבוץ כפר החורש, שבו היה סניטר, ואת זמנו הפנוי ניצל ללימוד עברית בעזרת שכנו לצריף יוסף ביליצר. כבר בתקופה זו כתב מספר רשימות הומוריסטיות בהונגרית לעיתון "אוי קלט". משם עבר לשיכון עממי, כשהוא רוכב על אופנוע, אותו כינה באהבה "הדוקטור" (על–שם הפושע הנאצי ד"ר ארנסט קלטנברונר, שכן האופנוע היה שחור "כנאצי טרום-שילומי"). הוא למד עברית באולפן "עציון" בירושלים, ועד מהרה השתלט על השפה והחל מחדש בה חידושים. רק המבטא ההונגרי הכבד שלו ליווה אותו לאורך ימיו.

אפרים קישון נולד בבודפשט, בירת הונגריה ב-23 באוגוסט 1924 בשם פֶרֶנץ הופמן (Hoffmann Ferenc). כאשר הפך לסופר הונגרי, שינה את שם משפחתו לקישהונט (Kishont). בנעוריו לא ידע עברית או יידיש. אביו עבד כמנהל בנק ואמו הייתה מזכירה. לקישון אחות אחת שאף היא הייתה סופרת.
כשרון הכתיבה שלו ניכר כבר בנעוריו. בשנת 1940 זכה בפרס הראשון בתחרות כתיבת נובלה לתלמידי תיכון. בגלל חוקי הגזע, לא הורשה להמשיך את לימודיו באוניברסיטה ולכן החל בשנת 1942 בלימודי צורפות.
בשנת 1944 נכלא במחנה ריכוז בהונגריה. נמלט במהלך העברתו למחנה השמדה בפולין. בתוכנית הטלוויזיה "חיים שכאלה" סיפר כי הוא חב את חייו לאדם שלימד אותו כיצד לזייף חותמות רשמיות, באופן גרפי, באמצעות עט רגיל. כאשר שב לבודפשט גילה כי הוריו ואחותו שרדו, אך בני משפחה רבים אחרים נרצחו בתאי הגזים באושוויץ.
בשנת 1948 השלים את לימודיו בפיסול מתכת ובתולדות האמנות והחל מפרסם מאמרים הומוריסטיים בשם פרנץ קישהונט (השם הנפוץ הונט בתוספת הקטנה [קיש = קטן]). במאי 1949 יצא עם רעייתו הראשונה, חוה קלאמר, מהונגריה ועלה לישראל. את שמו העברי קיבל קישון מידיו של פקיד הסוכנות בנמל. לדברי קישון, שאל אותו פקיד הסוכנות לשמו וכאשר נענה "פרנץ" אמר: אין דבר כזה, ורשם "אפרים," וכך עשה גם ביחס לשם משפחתו.
קישון התגורר תחילה במעברת "שער העלייה" ("שרליה") שליד חיפה, ממנה עבר לקיבוץ כפר החורש, שבו היה סניטר, ואת זמנו הפנוי ניצל ללימוד עברית בעזרת שכנו לצריף יוסף ביליצר. כבר בתקופה זו כתב מספר רשימות הומוריסטיות בהונגרית לעיתון "אוי קלט". משם עבר לשיכון עממי, כשהוא רוכב על אופנוע, אותו כינה באהבה "הדוקטור" (על–שם הפושע הנאצי ד"ר ארנסט קלטנברונר, שכן האופנוע היה שחור "כנאצי טרום-שילומי"). הוא למד עברית באולפן "עציון" בירושלים, ועד מהרה השתלט על השפה והחל מחדש בה חידושים. רק המבטא ההונגרי הכבד שלו ליווה אותו לאורך ימיו.