הפנר נולד למשפחה אמידה בברלין בירת גרמניה. הוכשר כמשפטן ואף התמחה בבית המשפט העליון של פרוסיה. אך עמדותיו האנטי-נאציות, ומערכת יחסים שניהל עם ארוסתו היהודייה, הביאו אותו לעבור בשנת 1938 לאנגליה מתוך שלא יכול היה לסבול עוד את החיים תחת משטרו של אדולף היטלר. במהלך מלחמת העולם השנייה שהה בלונדון שם עסק בפרסום ספרים ומאמרים אנטי-נאציים. מתוך רצון להגן על משפחתו שנותרה בגרמניה אימץ את שם העט "סבסטיאן הפנר".
הפנר התקדם בעולם העיתונות באנגליה, והפך לעורך האחראי של העיתון "אובזרבר". בשל חילוקי דעות עם ידידו, דייוויד אסטור, אשר הפך למו"ל של העיתון, חזר לגרמניה בשנת 1954, והפך לכתב העיתון בברלין, עמדה בה החזיק עד להקמת חומת ברלין, בשנת 1961. אז החל לכתוב עבור העיתון הגרמני "די ולט", עד 1962, ומאז ועד 1975 כתב עבור המגזין "שטרן". כן הופיע הפנר בתכניות רבות בטלוויזיה הגרמנית.
במקביל לעבודתו כעיתונאי כתב הפנר ספרים רבים על ההיסטוריה הגרמנית המודרנית, אשר היו מכוונים לקהל הרחב. רוב עבודותיו יצאו לאור בגרמנית וחלקן תורגמו לאנגלית ולשפות נוספות, לרבות עברית.
הפנר הלך לעולמו ב-2 בינואר 1999. לאחר מותו יצאו לאור זכרונותיו, אשר נכתבו בעת קרות האירועים המתוארים בהם, בשנות השלושים, אך נערכו על ידי הפנר בתקופה מאוחרת יותר.
מספריו בעברית ראו אור:
היטלר - החידה האיומה ופשרה (הוצאת שוקן, 1979 תרגם חיים איזק). אחת המונוגרפיות הטובות ביותר העוסקות בחייו ובמשנתו של אדולף היטלר. ניתוח מבריק של המשטר הנאצי והאידאולוגיה הנאצית, בכלים היסטוריים של היגיון ושכל ישר. ב-179 עמודי הספר נסקרת הקריירה של היטלר - הצלחותיו והשגיו, כשלונותיו והמשגים שלו, ולבסוף פשעיו ובגידתו בעמו. תוך ויכוח עם הזרם הרוויזיוניסטי בהיסטוריוגרפיה של הנאציזם, ובמיוחד עם דייוויד אירווינג, מראה הפנר כי המדובר במטורף, אשר גרר עמו עם שלם לתהומות של שפלות מוסרית, מתוך תאוריה גזענית, שמקורה בסטייה אישית. לפי הספר שיעבד היטלר את העם הגרמני לצורכי סיפוק יצריו האישיים הפתולוגיים, ולשם כך ראה אף בניצחון במלחמה מטרה משנית, וסופו שגרר את עצמו, ואת העם הגרמני לאבדון.
סיפור של גרמני 1914 - 1933 (הוצאת חרגול, 2002. תרגום מגרמנית, הערות ואחרית דבר - שולמית וולקוב) אוטוביוגרפיה חלקית של הפנר שיצאה רק לאחר מותו על ידי בנו שמצא את הספר במקרה בעת שחיפש אחר רומן אחר שכתב אביו (שלא נמצא עד היום). המדובר ברשימות שנערכו על ידי הפנר בזמן שהותו באנגליה, אך מעולם לא פורסמו על ידו אלא לאחר מותו. הספר הינו סיפור מרגש והישג ספרותי מחד, ומבט חד עין על תופעת הנאציזם, ויחסו של "האדם מן השורה" אל הנאציזם מאידך. הפנר צפה במאורעות בזמן התרחשותם, והיה מהיר להסיק את מסקנותיו ולהעלותן על הכתב בסגנון כתיבה חד וברור. עם צאת הספר בישראל בשנת 2002, יש שמיהרו לערוך את האנלוגיה בין התופעות שמתאר הפנר בספרו ובין המצב בישראל כיום.
הועלתה טענה על ידי חוקרי ספרות שהספר נכתב מאוחר יותר מסיבות שונות, לדוגמה בגלל שבספר מוזכרות מדרגות נעות שלפי הטענה לא היו בגרמניה של שנות ה-30, אולם בדיקת מעבדה של מיפלג הפשיעה של המשטרה הגרמנית הוכיחה מעבר לכל ספק כי תיארוך הספר לתקופה בה הוא נכתב נכונה.