שורשי החילון מתאר את ראשיתו של אחד התהליכים ההיסטוריים החשובים ביותר בתולדות היהודים מאז המאה ה-18 ועד ימינו. המרידה בנורמות הדתיות ובמשמעת שדרשה האליטה הרבנית, הביקורת הדאיסטית והמתירנות הדתית של יחידים ושל קבוצות – כל אלה שינו לבלי הכר את מפת החברה היהודית ותרבותה. מצב זה גרם לכך ששאיפות לשחרור מעול הדת התנגשו עם תחושות החרדה של נאמני המסורת. שורשי החילון מבקש להשמיע את קולם של גברים ונשים שהטילו ספק באמונות הדתיות והשתוקקו לנצל את האפשרויות הרבות שפתח בפניהם הכרך האירופי. יחד עם זה, הוא גם קשוב לזעקתם של מי שהיו משוכנעים ש'העולם הישן' בא אל קצו במשבר נורא של אובדן האמונה ושל אנרכיה מוסרית וגינו בחריפות את 'כת האפיקורסים'.
במהלך המאה ה-18 הלכה והתחדדה ההבחנה בין יהודי 'העולם הישן' ליהודי 'העולם החדש', ובין 'קהל המאמינים' – המקבלים על עצמם את ההנהגה הרבנית – לבין המיעוט שהלך והתבלט בהדרגה של 'היהודים האופנתיים' ו'היהודים החופשיים'. הבחנה זו קבעה כבר בשלב מוקדם זה את מִתווה הפילוג הפנימי בחברה היהודית באירופה. התִרבות המודרני, המתירנות ובוודאי אימוץ ההשקפה הדאיסטית, המכחישה התגלות והשגחה, התפרשו לא רק כמרד באלוהים אלא גם כחצייה של גבולות הזהות היהודית המפרידים בינה לבין חברת הרוב הנוצרית וכצעד מתריס של המרה תרבותית. זהו מחקר מקיף ראשון על סוגיה מרכזית זו.