"ממשלה במלחמה" הוא פרי מחקר שערך נאור כעמית-מחקר של המכון ליחסים בינלאומיים ע"ש לאונרד דייויס, באוניברסיטה העברית. במסגרת המחקר רואיינו שרים, חבר יועדת החוץ והביטחון של הכנסת, אלופים וקצינים בכירים במילואים ואישים הקשורים במערכת הביטחון והחוץ של ישראל, שחשפו בפניו את תהליך קבלת ההחלטות בממשלת ישראל בזמן המלחמה. מבצע שלום הגליל, שנועד להרחיק את המחבלים מגבול ישראל, תוכנן להימשך 48 שעות, בטווח של 40 ק"מ בלבד מגבול ישראל. כיצד התגלגל "המבצע" והיה למלחמת לבנון, שנמשכה כשלוש שנים, במחיר כבד? כיצד הגיעה ישראל לביירות ולמלחמה בסורים? האם ידעה הממשלה מה עומד להתרחש, ומה מתרחש בפועל, בשדה הקרב? האם ידעו השרים את תוכניות המטה הכללי של צה"ל? כיצד הגיב מנחם בגין, כשהתברר לו שמסתירים מפניו מידע חיוני? מתי סיכם אריאל שרון, שר הביטחון, עם בשיר ג'מייל, מנהיג הפלנגות הנוצריות, את הסיוע שיינתן למשטר החדש בלבנון, ומתי דובר על כך בממשלת ישראל? מי אמר את האמת לוועדת כהן? על שאלות אלו ואחרות משבי הספר "ממשלה במלחמה".