נינה פינטו-אבקסיס נולדה וגדלה באשקלון, למשפחה דוברת חכיתיה, שמוצאה מטיטואן בצפון מרוקו. אביה היה מהנדס בניין ואמה פקידה בבנק. פינטו-אבקסיס בעלת תואר ראשון ותואר מוסמך בספרות עברית מהאוניברסיטה העברית. במקביל ללימודיה ניהלה קריירה תקשורתית, במסגרתה בשנים 1996-1995 כתבה והגישה את תוכנית הרדיו לספרות "קראתי ספר" ברשת א' של קול ישראל ובהמשך שימשה ככתבת לענייני משטרה בעיתון "הארץ".
בשנת 2014 הוציאה לאור את ספרה, "הטווס, המגוהץ וחצי האישה: כינויים הומור ופולקלור בשיח היום-יום של יהודי טיטואן דוברי החכיתיה". הספר הוא מחקר מקיף אודות יהודי צפון מרוקו, שבתוך כך מציג את נסיבות היווצרותו של הומור אתני בעל סממנים מקומיים ייחודיים וסממנים אוניברסליים, תוך התמקדות בלשון ותרבות החכיתיה של יהודי טיטואן.
בשנת 2017 זכתה פינטו-אבקסיס בפרס ראש הממשלה לסופרים עבור ספרה "סיפוריים אינטימיים". על בסיס הספר, נכתבה הצגה סיפוריים אינטימיים שמוצגת בתיאטרון הבימה. הסיפורים עוסקים באשה צעירה, החל מילדותה ונעוריה באשקלון, אהבותיה הראשונות ובהמשך נישואים ובהורות ובאבל והתמודדות עם מחלת הסרטן של אמה.
בעקבות גילוי סרטן במערכת העיכול, כתבה פינטו-אבקסיס קובץ סיפורים "מחר אני הולכת" שמספר על התמודדות עם הסרטן.
פינטו-אבקסיס הייתה נשואה, אם לשניים והתגוררה בתל אביב.
פינטו-אבקסיס נפטרה ביולי 2019, לאחר מאבק ממושך, במחלת הסרטן.
