דן קהיל בן השלוש–עשרה ואחותו איימי בת השש–עשרה כבר יודעים מיהו "המנודה", בן משפחתם ששחזר שלושה אסונות היסטוריים בזה אחר זה. מהרמזים מסתבר שהאסון הפעם אמור להיות הגדול מכולם – אסון גרעיני, שרק הם יכולים לעצור. איימי נחושה להגן על דן, שלא מסוגל לשכוח את הנוסחה לשיקוי, וממנה את המילטון וג'ונה להיות אחראים על ביטחונו. באותו זמן, איאן וקארה יוצאים להיפגש עם בן אקתרינה באוניברסיטה יוקרתית בלונדון. הרמזים מובילים אותם מסביב לעולם - לגרמניה, סין, ואפילו לצ'רנוביל. אבל אז הם מגלים שהאסונות הם רק הסוואה לתוכניתו האמיתית של "המנודה" – נקמה מזעזעת בכל בני המשפחה שבגדה בו.  

"המשימה: אטום" הוא הספר הרביעי בסדרה "בגידה", סדרת המשך ל"39 הרמזים" ו"בלי מעצורים".