לצד הרנסנס, גילוי אמריקה, הרפורמציה הפרוטסטנטית וההשכלה, בראשית העת החדשה נוצקו גם יסודות המדע המכניסטי המודרני אשר מסביר את העולם על פי חומר ותנועה בלבד. התגליות של קופרניקוס, קפלר, גלילאו, בייקון, דקרט וניוטון שינו כליל את השקפת העולם של ימי הביניים והביאו להסרת הקסם מהעולם, להרס היקום המהולל של דנטה ומילטון אשר לא תחם גבולות לדמיון האדם. במקום עולם עשיר בצבעים וקולות, מפעים וזורח, מלא בשמחה, אהבה ויופי, המגלה הרמוניה מכוונת ורעיונות יוצרים, בפילוסופיה המכניסטית העולם המשמעותי הוא  עולם קשה, קר, חסר צבע, משולל קול ומת – עולם של כמויות ותנועות הנמדדות בצורה מתמטית ובקביעות מכניסטית.
בהיסטוריה של המדע בעת החדשה המוקדמת דנים לרוב בהתקדמות המדע; מחקרים מעטים, אם בכלל, עוסקים בשאלה כיצד הגיבו בני הדור להרס תמונת היקום המסורתית. הסרת הקסם מהעולם: דת ומדע בראשית העת החדשה דן בהיסטוריה אלטרנטיבית להתקדמות המדע. הוא מגלה את השפעתו השלילית של המדע החדש של הטבע על הגדרות ועיצובים מסורתיים של זהויות דתיות בראשית התקופה המודרנית; כך למשל, המשורר המטפיזי ג'ון דאן התקיף את  האסטרונומיה החדשה, אשר בה השמש היא מרכז העולם ולא הארץ; הוא חשף את "פני יאנוס" של המדע החדש, את הסכנות והאיומים שהפילוסופיה החדשה של הטבע הציבה בפני דפוסי מחשבה ואמונה דתיים-מסורתיים. כמו דאן, גם הפילוסוף בלז פסקל התנגד לפילוסופיה המכניסטית-רציונליסטית של רנה דקרט. הוא הדין ביחס למהפכה שחולל אייזק ניוטון – רבים באנגליה טענו שהמתמטיזציה שלו את עולם הטבע מביאה להסרת הקסם מהעולם, ובכך משנה את יסודות המחשבה והאמונה הנוצרית-מסורתית.
פרופ' אמריטוס אביהו זכאי – החוג להיסטוריה האוניברסיטה העברית – עסק במחקריו הרבים בראשית העת החדשה באירופה ובאמריקה; מחברם של ששה עשר ספרים ולמעלה ממאה מאמרים. ספרו "גלות ופרשנות" (בשיתוף עם דוד ויינשטיין) ראה אור ברסלינג (2014).