דמותו וסיפור חייו של ישו הנוצרי לוטים בערפל וחוקרים חלוקים הן ביחס לקיומו ההיסטורי והן ביחס לאירועים בחייו.מה בסיפורים עליו אמיתי ומה אגדה ומשל?.
ואולי ישו לא היה ולא נברא,אלא משל היה,כפי שטוענים חלק מהחוקרים?.
הספר מציג נקודת מבט חדשנית ומקורית לפיה דמותו וסיפור חייו של ישו הנם ביטוי ליצירה ספרותית המבוססת על דמותו ההיסטורית ועל סיפור חייו של רבי אליעזר בן הורקנוס,גדול חכמי ישראל,שחי ופעל באותה תקופה היסטורית.
ב"צופן החכמים" נחשפת מערכת קשרים מסועפת ומסתורית בין רבי אליעזר וישו ובין אבות הנצרות וחכמי ישראל שחיו ופעלו בתקופתו של ישו.
בתוך כך מציג הספר נקודת מבט ייחודית ומהפכנית להבנת מערכת היחסים הסבוכה בין הנצרות ליהדות.