רומן מתח שבמרכזו כתב היד של וויניך: חיבור עתיק ומסתורי, אשר תוכנו נותר בלתי מפוענח למרות מאמציהם של טובי המתמטיקאים, הלשונאים, הבוטנאים, האסטרונומים ומפענחי הצפנים המקצועיים והחובבים בעולם כולו. גיבור הרומן הוא רוס קלי, גיאולוג שאפתן ואיש משפחה מאושר, שחייו מאיימים להתמוטט: אשתו לורן מצליחה לפענח את כתב היד המסתורי - אך נסיון לגנוב את תרגומה מציב אותה ואת ילדם שטרם נולד בסכנת מוות. על סף ייאוש פוגש רוס כומר ונזירה מקריית הותיקן, ולומד כי ישועה עשויה להימצא בין דפיו של כתב היד העתיק, המגולל מסע בעקבות גן מיתי מופלא השוכן במעמקי הג'ונגלים של העולם החדש. האם הגן הוא אלגוריה, או קיים במציאות? בלווית קומץ בעלי ברית לעת מצוא, שמניעיהם שונים ומשונים, הוא יוצא לחפש אחר הגן. אבל, עד מהרה הוא מגלה שהוא אינו היחיד המחפש אחריו, ומתחריו לא יבחלו באמצעים כדי להגיע לשם לפניו.