דני נווה, סוכן מוסד קשוח מיחידת "כידון" המובחרת, רגיל לנווט בין צללים ואיומים גלובליים. אלא שהפעם, המשימה אינה רק מקצועית: היא אישית. לצידו עומדת תמר פרי, בת דודתו הצעירה וסוכנת מבריקה בפני עצמה, כשלשניהם קשר דם עמוק.
יחד עם חבריהם לצוות: ליבת, ירון ותומר, הם נשלחים למבצע רגיש במיוחד, שאמור להיות "פשוט" יחסית.
העניינים מסתבכים במהירות שיא. חקירה פנימית מאולתרת חושפת מציאות מחרידה: בוגדים מכהנים בצמרת השלטון משתפים פעולה עם האויב, ומערכת הביטחון כולה עומדת בסכנת קריסה.
המתח עולה לגבהים חדשים כאשר במהלך ניסיון לקבור גופת חתול מת, הגופה נעלמת באופן מסתורי בחשכה, היישר מתחת לאפם של דני, תמר, ליבת וירון,
"משימת-קו” הוא קלחת רותחת של אקשן טהור, מרדפים עוצרי נשימה ומעקבים מתוחכמים. אבל מעבר לפעולה, זהו סיפור על מתח פסיכולוגי, על בחינת גבולות הנאמנות והמוסר.