בעזרת "השעון המולקולרי" הצליחה הביולוגיה המודרנית למפות, לראשונה, במדויק, את הנתיב המוליך מן הקוף אל האדם, ולשרטט אילן יחוסין חדש, שונה מן האילן שקבעה תורת האבולוציה המסורתית.
הספר מתאר את התאוריות האבולוציוניות, המסורתיות והמהפכניות, אך עוסק בעיקר בסיפור המדהים של התגליות הביולוגיות החדישות, לפיהן:
האדם וקוף-האדם נפרדו מאב קדמון משותף לפני 4.5 מיליון שנה (ולא לפני 20 מיליון, לפי ההנחה המסורתית).
הקירבה בין האדם המסורתי ובין קופי-האדם המודרנים גדולה בהרבה מכפי שמקובל היה להניח: ההבדל הגנטי בין האדם ושאריו הקרובים ביותר, הגורילה והשימפנזה, הוא אחוז אחד בלבד. אין הם בני-דודים מרוחקים.
במהלך סיפור חידת הקוף נסמכים המחברים על תחומי התמחות רבים ופותחים לפני הקורא אשנב לעולם קסום של מחקר וגילוי, ושואלים:
האם די בהבדל של אחוז אחד בין הגנים של האדם ושל קוף-האדם כדי להסביר את כל הציוויליזציה האנושית – בכלל זה את האמנות, את הלשון ואת המדע?
האם יש מקום לראות את האדם כתופעה ייחודית ביקום?
האם ימיו של המין האנושי עלי-אדמות קצובים, כמו אלה של הדינוזאורים לפניו?