"אחרי המרד הגדול נגד רומי וסיום חיבור ספריו של יוסף בן מתתיהו, יבש המידע ההיסטורי על היהודים. במשך אלף שנה איננו יודעים מה עלה בגורלם. אגדות ומיתוסים חסרי בסיס עובדתי גויסו כדי לנסות ולמלא את החסר. מחקר זה בא להפריך ניסיונות אלה."
שורשיהן של שלוש הדתות המונותאיסטיות – הנצרות, האסלאם והיהדות – נטועים בתוך הספרייה המקראית, וקשרים ענפים מתקיימים ביניהן. הספר מתי הפכנו ליהודים עוסק בקריאה ביקורתית של ספרי הברית החדשה, המשנה, התלמוד והקוראן, בניסיון לשרטט את שלבי ההתפתחות של דתות אלו, ולנסח שאלות שהמחקר לא נוטה לעסוק בהן: האם היהדות הרבנית נוצרה בהשפעת הנצרות? האם התורה שבעל־פה יכולה הייתה להיכתב לפני המאה העשירית? האם דמויות מרכזיות בספרות הרבנית כמו יוחנן בן זכאי, יהודה הנשיא, רבי עקיבא ואחרים, הן דמויות שהומצאו לצרכים נראטיביים? מהו מקום חיבורו של הקוראן? האם הקוראן הוא אכן יצירה אסלאמית?
יגאל בן־נון אינו מקבל שום הנחה כמובנת מאליה, ואינו נרתע מלהפוך אבנים כבדות בשדה המחקר. הוא מפגין עומק, מקוריות וידענות רבה, ואת תובנותיו הוא שוטח בלשון בהירה ונגישה. מתי הפכנו ליהודים הוא ספר חובה לכל קורא אשר מבקש לצלול אל הטקסטים הקנוניים של הדתות המונותאיסטיות ולחלץ מהם תובנות חדשות.