בספרו יודופוביה פטר שפר בוחן במבט רענן כיצד הצטיירו היהודים והיהדות בעיניי היוונים והרומאים, ומאתר בתוך כך את מקור האנטישמיות בעולם העתיק. הוא סוקר התייחסויות ליהודים ולדתם בכתבים יווניים ורומיים, בדגש על הנושאים שהעסיקו יותר מכל את העולם הקלאסי הפגאני בהקשר היהודי: יציאת מצרים, מהותו של האל היהודי, מגבלות הכשרות, דינים הקשורים לשבת, נוהג המילה, וגיור. הוא מתאר בנוסף שני פרצי עוינות כלפי היהודים במצרים: האחד בקהילת יב בשנת 410 לפנה"ס, והשני באלכסנדריה בשנת 38 לסה"נ. ספרו הנוכחי, יודופוביה, מצביע בוודאות על מצרים ההלניסטית כמקור שחולל את האנטישמיות, אנטישמיות ששורשיה היו נעוצים כבר בעבר הקדם-הלניסטי של מצרים.
פטר שפר הוא בעל הקתדרה על-שם רונאלד פרלמן ללימודי יהדות באוניברסיטת פרינסטון, עד לאחרונה כיהן כמרצה ללימודי יהדות וכמנהל המכון ללימודי יהדות באוניברסיטה החופשית של ברלין.
על העטיפה: תרשים של ציור קיר מרומא מהמאות הראשונות לספירה, הלועג לאדם בשם אלכסמנוס, שסוגד לחמור. רוב החוקרים אמנם מפרשים שהציור מכוון נגד נוצרים, אבל ההאשמה בסגידה לחמור הייתה רווחת גם לגבי יהודים ונדונה בספר זה; למעשה, ייתכן ומי שצייר את הכתובת כלל לא הבחין בין יהודים לנוצרים. (הכתובת נמצאת במוזיאון הפאלטיני ברומא והאיור מספרו של Lancuanu , שיצא ב – 1898).