“רציונליות ומיסטיקה. צמד של ניגודים ידוע. אבל מסתבר שהגדרה ממצה לרציונליות ולמיסטיקה היא לא כל כך טריוואלית.
ברמה הפשוטה ביותר. רציונליות נגזרת מהמילה הלטינית ratio שמשמעותה תבונה. רציונליזם, באופן פשוט, הוא כינוי להשקפה פילוסופית הרואה בתבונה מקור ראשי, ואולי אף בלעדי, של ההכרה, והגורסת כי בעולם יש סדר, מבנה וחוקיות שהשכל האנושי לבדו יכול לנתחם, להכירם ולהגדירם. את המיסטיקה, מעצם טבעה, קצת יותר קשה לאפיין ולהכניס לקטגוריות, ובכל זאת החוקרים העלו בחכתם כמה אפיונים מרכזיים. דעה מקובלת גורסת שהמיסטיקה היא "תופעה קבועה ובלתי מעורערת של הכיסופים האוניברסליים של הרוח האנושית להתאחדות עם אלוהים", וביהדות, במילה אחת - 'דבקות'. פסיכולוגים גם ציינו את החוויה המיסטית כחוויה המטשטשת בין ה'אני' לבין הסובב, מעין התאחדות של האני עם ה'יש הכללי'.

הופדינג (Hoffding) היה פילוסוף דני שהבחין בתופעה מעניינת בתולדות המחשבה. הוא שם לב שישנם שני ארכיטיפים (אבות טיפוס) מרכזיים של הוגי דעות: האחד מחפש אחדות, רציפות, המשכיות, עקיבות וקשרים בין התופעות השונות שישנם במציאות. ואילו השני מחפש גבולות ברורים, חתוכים, הגדרות מדויקות, תפניות ומעברים חדים. איש-שלום סובר, ובצדק, שהטיפוס הראשון דומה ברוחו למיסטיקן, והטיפוס השני לאיש המדע הרציונלי (עמוד 228).
כל מי שמכיר מעט את הגותו של הרב קוק יודע שההגות שלו היא דוגמא להגות הרמונית חובקת כל. שכן כמי שמאמין במקור האחדותי של המציאות, או בלשונו השירית: "כל ההויה כלולה היא בנקודה אחת", אין אצלו מקום לשניות, ואין זה פלא שהגותו, וגם אופיו האישי, נע בציר הזה שבין הרציונליות החמורה והמנתחת, לבין החוויה הדתית העמוקה. בלשון אחרת: הרב קוק ידע להכיל בתוכו את שני הטיפוסים שציין הופדינג על אף המתח השורר ביניהם.

בביקורת אחרת ('הקריטריון לאמת הקריטריון למוסר') כתבתי על הפלורליזם של הרב קוק שאינו נובע מספקנות ומחוסר הכרעה, אלא להפך, ממתן מקום אונטולוגי לכל דעה ולכל תפיסה על פי ערכה. אשר על כן גם את המיסטיקה הוא מקבל אך מסתייג מן ההפרזה המסוכנת הקשורה בה, מאידך, הרציונליות היא כלי חשוב ומרכזי של ההכרה ועל כן חייב כל משכיל להשתמש בכליה ובמסקנותיה אך להימנע מכבליה הנוקשים שאינם נותנים מענה לחידות הקיום האנושיים.

הרב קוק שאף לחרות בכל המובנים, חירות המחשבה וחירות המעשה, חירות מתפיסות חברתיות ודתיות צרות-אופקים. אלא שהחירות אצלו אינה תכונה או מצב אנושי, החירות היא היא הגדרת האדם, האדם הוא בן חורין מעצם היותו אדם, ממש כתפיסתו של סארטר והפילוסופים הקיומיים, ולכן לא רצה ואף לא יכל להגביל את מחשבתו והגותו בסד של גישה אחת ויחידה, חשובה ועמוקה ככל שתהיה, שכן לעולם אין בכוחה להכיל את כל היש. וכמו שמסכם איש שלום: "המתיחות הדיאלקטית, העיונית והחוייתית, בין נטיות מיסטיות ונטיות רציונליות בכתביו משקפת תחושה כי המציאות הכוללת מורכבת ועשירה מכדי שיהיה אפשר להשיגה, לתארה ולמצותה בדיסציפלינה מחשבתית אחת בלבד... עובדה זו מולידה פתיחות רעיונית מרחיקת לכת ההולמת את היסוד העקרוני המייחד את יצירתו של הרב קוק - יסוד החירות" (עמ' 249).”