כשלון מלחמת בר-כוכבא, לאחר שנות הצלחה מועטות, הטיל צל כבד על הנהגת המרד, מטרותיו ומהלכיו, ופתח פתח לספקולציות היסטוריות ופסבדו-היסטוריות, שהמתח הרגשי רב בהן מהביקורת המדעית. הספר מסכם תופעה ארכיאולוגיה מרתקת, שהתגלתה ונחקרה בתשע השנים האחרונות. יש בה, להערכת המחברים, כדי לפתוח צוהר ולהאיר את הקודמות למלחמת בר-כוכבא ומהלכה.
הספר מערכות המסתור בשפלת יהודה נחלק לארבעה שערים: הנתונים הבסיסיים, וזאת במידה אובייקטיבית ככל הניתן, מובאים בשני השערים הראשונים. ניתוח הנתונים, עם מסקנות כרונולוגיות והיסטוריות, מובאים בשבי השערים האחרונים. שער המבואות מפרט את הרקע הפיזי של תחום תפוצתן העיקרי של המערכות - שפלת יהודה, תולדות מחקרן, ודרך חקירת התופעה. במפת התפוצה מסומנים בשפלת יהודה למעלה מ-100 אתרים, ובהם יותר מ-300 מערכות, וכן 7 אתרים בהר יהודה. גילוי מסתורים תת-קרקעיים בגליל הוא פועל יוצא של החקירה בשפלת יהודה. גם אם ישנה הסתייגות מהכללתן של כמה מהמערכות הצפוניות במסגרת המוגדרת כמערכות-מסתור - גילויין בצפון משמעותי ורב חשיבות.
השער השלישי בספר עוסק בממצאים ממערכות-המסתור, בכרונולוגיה ובמסקנות היסטוריות מוגבלות בהיקפן.