מטרת "ילקוט תימן" היא להגיש לקורא המתעניין ביהדות תימן מושגי יסוד על יהדות זו. זהו לקסיקון הכולל יותר מ - 1000 ערכים המקיפים נושאים שונים: אירועים היסטוריים, דת, מנהגים, מקומות יישוב בתימן ובישראל, אישים בתחומי הדת, החברה, היצירה הספרותית והאומנותית, משלחי יד, התרבות בחומרית: לבוש, תכשיטים, מאכלים וכדומה. המערכת המדעית, שבראשה עמד הרב יוסף קאפח ז"ל, התוותה את הדרך והנחתה את עורכי הילקוט בשלבים השונים של קביעת הערכים וכתיבתם. למלאכת הכתיבה נרתמו עשרות ממיטב העוסקים בחקר יהדות תחמן, ובראשם פרופ' יוסף טובי, מגדולי החוקרים של יהדות תימן כיום.