קובץ עגנון, כרך ב, כולל בתוכו מבחר עשיר ומגוון של טקסטים, חלקם משל עגנון, וחלקם של עגנון. כרך זה פותח בהדפסה חדשה ומאירת עיניים של הסיפור המוקדם "בארה של מרים" (1909) שהיה גנוז במשך עשרות שנים בגיליונות "הפועל הצעיר". לצד סיפור זה מופיעים פרקי המשך ל"ספר תכלית המעשים" - יצירה מאוחרת ובלתי גמורה של עגנון - שאותרו בעיזבונו של הסופר והועתקו מכתב - היד בידי אמונה ירון. ברכה פישלר מביאה את חלופת המכתבים המסועפת והמרתקת בין שמואל יוסף עגנון לבין הבלשן חנוך ילון, ואילו ראובן מירקין מציג את הנוסחאות השונות של כמה מסיפורי "ספר המעשים" שהופיעו בראשית שנות השלושים ואשר שוכתבו בידי הסופר פעמים אחדות. החלק הפרשני של כרך זה כולל שתי עבודות מקיפות ומקוריות על הרומן "תמול שלשום" - פרי עטם של דן מירון ובעז ערפלי - וכן מובא בו מאמר של שמואל ורסס על הסיפור "בשעה אחת", הנכלל בקובץ "עיר ומלואה". ביבליוגרפיה של פרסומי עגנון שהופיעו לאחר מותו (בעריכת חיים ירון) חותמת את הכרך. קובץ עגנון הוא במה קבועה המוקדשת לחקר יצירת עגנון ולפרסום חומר מעיזבונו. עורכי קובץ עגנון הם אמונה ירון, רפאל וייזר, דן לאור וראובן מירקין.