הפנקס מספר את סיפורה של יהדות יוון המפוארת מראשיתה בתקופה העתיקה עד חורבנה בימי השואה. יהדות יוון שהיתה מן השוקקות חיים והמשגשגות ביותר בתפוצות ישראל ספגה מכה נוראה בשואה: משמונים אלף יהודים שחיו בשלושים ואחת קהילות ובראשן סלוניקי שרדו כעשרת אלפים. כיום חיים ביוון כחמשת אלפים יהודים בלבד. פנקס קהילות יוון מבוסס על מקורות שונים: ספרי מסעות, ספר שאלות ותשובות, חומר ארכיוני, עדויות, עיתונים ומחקרים.