בישראל מצויים 413 מיני צמחים בסכנת הכחדה ומתוכם 36 כבר נכחדו מאז שנות ה-60 של המאה ה-20. רבים מצמחים אלה נדירים מאד, חלקם הם אנדמיים - ייחודיים לישראל ואחרים - בית גידולם נפגע מאד עד כדי סכנת הכחדה.
הספר האדום מביא את כל המידע אודות המינים הללו: לכל מין צמח "אדום" נכתבו תיאור מפורט, תפוצתו בארץ ובעולם, היבטים ביוגיאוגרפיים וסיסטמטיים, מצב שמירת הטבע והמלצות למימשק, לשימור ולהגנה. לתיאור נלווים מפת אתרי התפוצה בארץ ותמונת הצמח. לכל צמח נקבע "מספר אדום" על פי אמות מידה כמותיות שהתבססו על ידע מדעי ועל מערכת ענפה של תצפיות וסקרים. המספר האדום מגדיר למינים הללו את מידת הסכנה להכחדה. המידע על הצמחים ה"אדומים" המובא בספר, מהווה בסיס מדעי למדיניות מימשק ולקביעת עדיפויות בשמירת טבע ובהגנה על פי חוק.