במלחמת העצמאות נותק הר הצופים מירושלים העברית מכיוון שהדרך אליו עברה בשכונת שייח' ג'ראח הערבית. ההר הפך למובלעת שהתנועה אליה התנהלה בשיירות בלבד. לאחר שבאפריל 1948 הותקפה שיירה של עובדי בית החולים הידועה גם כשיירת הדסה הופסקה תנועת השיירות, והושבתה פעילות האוניברסיטה ובית החולים. ב־7 ביולי 1948 יום אחד לפני סיומה של ההפוגה הראשונה נכנס לתוקפו הסכם בין המפקדים הצבאיים של ישראל והמפקדים של הלגיון הערבי על פירוזו של הר הצופים‏‏, ההסכם הושג בתיווכו של האו"ם. ההר חולק לשלושה אזורים: המובלעת הישראלית, שכללה את מתחמי האוניברסיטה, בית החולים הדסה הר הצופים, בית הקברות הצבאי הבריטי, והכפר הערבי עיסאוויה כאזור מפורז ישראלי. מדרום לשטח הישראלי נקבע שטח הפקר, ומדרום לו שטח מפורז ירדני, שכלל את מתחם אוגוסטה ויקטוריה. בהסכם נקבע שישראל תחזיק בהר 85 שוטרים, החמושים בנשק קל בלבד, ו־35 אנשי סגל עובדים אזרחים. במקביל הוגבל גם מספר השוטרים בשטח המפורז הירדני ל-46 שוטרים. הסכם זה נשאר בתוקפו עד לסופה של מלחמת העצמאות ואושר מחדש בהסכמי שביתת הנשק בתום מלחמת העצמאות שנחתמו עם ירדן ב־3 באפריל 1949. בהסכם נקבע כי מדי שבועיים תועלה להר שיירה לאספקה ולהחלפת אנשי ההר. השיירה כללה שלושה רכבים: שני משוריינים ומשאית שהובילה להר אספקה, ובירידה מההר הובילה ספרים מבית הספרים הלאומי שבהר, אשר הועברו לספריות האוניברסיטה בירושלים העברית. שיירה זו הועמדה תחת פיקוח האו"ם, והייתה יוצאת ממעבר מנדלבאום