אברבנאל חיבר עשרות ספרי הגות, אך גולת הכותרת של כתביו היא ביאורו ל'מורה נבוכים' של הרמב"ם, החיבור הפילוסופי החשוב ביותר בעולמה של יהדות ימי הבינים, אשר חולל מהפכה ועמד במוקד של פולמוסים וסערות ... 'נבוכים הם' עוסק באותם קוראים שהחרימו את 'מורה נבוכים' ולא העמיקו בקריאת החיבור ולא הטיבו לרדת לסוף דעתו של הרמב"ם. הוא פוסע בנתיבותיו של אברבנאל בסוגיות המרכזיות שעמדו בלב ליבה של הפילוסופיה היהודית, כגון: סיפורי גן עדן, מעמד הר סיני ומתן תורה, נבואה, מעשה בראשית ומעשה מרכבה. 'נבוכים הם' הוא המחקר הראשון שדן בביאורו של אברבנאל ל'מורה נבוכים', תוך השוואה לספריו האחרים של אברבנאל. הספר קורע צוהר המאפשר להביט דרכו בדברי הרמב"ם על פרשניו השונים, ובה בעת חושף לראשונה את דרכי הפרשנות ואת שיטות ההגנה וההתקפה שנוקט אברבנאל בביאורו. כן ניבטות מן החיבור הטלטלות המחשבתיות העזות שעברו על אברבנאל עצמו במהלך חייו.