הפנקס מתעד את קורותיהן של 203 קהילות יהודיות במרחב הגאוגרפי של צפון מערב גרמניה מתחילת ההתיישבות היהודית באזור במחצית השנייה של המאה השלוש-עשרה עד לאחר מלחמת העולם השנייה. הערכים המפורטים מתייחסים גם למרכזים יהודיים ידועים כגון המבורג-אלטונה, ברמן והנובר, וגם לעשרות קהילות קטנות ועלומות שטרם נכתב עליהן דבר בעברית. דגש מיוחד הושם על האופן שבו התמודדו הקהילות היהודיות עם אירועי שנות השלטון הנאצי החל בפעולות החרם הכלכלי וחוקי האפליה של שנות השלושים המוקדמות, דרך חוקי נירנברג ופרעות "ליל הבדולח" וכלה בגירושים בתקופת המלחמה. בכרך כולל מאה תמונות ועשר מפות.
מפעל פנקסי הקהילות, שערך במשך עשרות שנים הד"ר שמואל ספקטור, הוא המורכב, המעמיק והנרחב ביותר בתחום ההוצאה לאור של יד ושם. במשך שלושים וחמש שנה עמלו חוקרים ביד ושם לאסוף חומר ולתעד את כל אחת ואחת מהקהילות באירופה ובצפון אפריקה אשר נכחדו בשואה. כל פנקס מיוחד למדינה אחת.
כל אחד מהערכים בפנקסים מקיף את תולדות הקהילה או היישוב היהודי מראשיתם עד הכחדתם או צמצומם עקב השואה שפקדה את עם ישראל במלחמת העולם השנייה. כל פנקס מספר על תולדות הקהילה היהודית במקום בשלוש תקופות: מתחילת ההתיישבות עד תום מלחמת העולם הראשונה; בין שתי מלחמות העולם; במלחמת העולם השנייה ואחריה. חיי הקהילות מתוארים בפירוט רב, ובכלל זה התארגנות בקהילה, חיי כלכלה וחברה, חיי רוח, פעילות פוליטית, מבנים ואישים.
"סדרת 'פנקסי הקהילות' של הוצאת יד ושם הנה מפעל כה הכרחי וכה מרטיט לב, עד שכמעט אי אפשר להגזים בחשיבותו. מומלץ לעיין כדי לדעת מניין שאבו אבותינו המומתים את אומץ ליבם, וכדי לדעת כיצד, לאורך המאות, נרקמו שם חיים יהודיים, ועם אילו מסורות ומורשות עלו היהודים לישראל והקימו בה מדינה, ומה עלה כאן בגורלן של מסורות ומורשות אלה." [אדם ברוך, מעריב, 9 באפריל 1999]
הפנקסים משופעים במפות, בתצלומים, בסרטוטים ובטבלאות.